U stvaranju jezera sudjeluju različiti prirodni čimbenici. Ledenjaci, potresi, odroni, eksplozije vulkana i masa rastopljene lave često su uzrokovali stvaranje jezera, prekidajući normalan tok rijeke ili stvarajući bazen, u kojem se voda prirodnim putem sakupljala.
Ledenjačka jezera su nastala u udubinama stvorenim erozivnim djelovanjem davnih ledenjaka. Ledenjaci su imali veliku erozivnu moć i uspijevali su udubiti i najčvršće stijene stvarajući doline u kojima će se smjestiti. Kad se ledenjak otopi, iza sebe ostavlja jednu ili više kotlina koje će se možda poslije napuniti vodom. U Hrvatskoj nema ledenjačkih jezera. Ima ih u susjednoj Sloveniji i u drugim alpskim zemljama.
U Hrvatskoj se međutim nalaze svjetski poznata Plitvička jezera, nastala stvaranjem sedrenih prepreka u riječnoj dolini. Poznata krška jezera su Modro i Crveno jezero kod Imotskog.
Tektonska jezera su jezera nastala u udubinama poslije lomova Zemljine kore. Te su lomove uzrokovali poremećaji u unutrašnjosti Zemlje. Tektonskog su podrijetla neka od najvećih i najdubljih jezera na Zemlji: Tanganjika u Africi i Bajkalsko jezero u Rusiji.
Vulkanska jezera su jezera koja ispunjaju kratere nekadašnjih vulkana. Vulkanskom aktivnošću stvorena je kotlina koja se poslije napunila vodom, a naziva se i kaldera. Jezera, koja ispunjaju kratere nekadašnjih vulkana, imaju najčešće kružni oblik. U susjednoj Italiji vulkanska su jezera Bracciano i Nemi, a u SAD Crater Lake u državi Oregon.
Postoje i jezera sa slanom vodom. Jezera uz morske obale najčešće su slana. Njihovu stvaranju pogodovali su nanosi pijeska duž obale koji su sprječavali oticanje rijeke u more. Slana su i ona jezera koja su, ostavši bez kanala za napajanje ili koja se nalaze u iznimno suhim predjelima s rijetkim kišama, izložena velikom isparavanju, čija je posljedica gomilanje mineralnih soli. Jedno od takvih je jezero Chad u središnjoj Africi.
Sva su jezera osuđena na umiranje bilo presušivanjem ili iz drugih razloga. Rast biljaka može na primjer pretvoriti s vremenom plitko jezero u močvaru ili baru. Erozivna moć vode može uzrokovati jače otjecanje i osiromašenje jezera vodom.
Naslage mulja, pijeska, šljunka i drugih taložina mogu ispuniti korito jezera. Na kraju, i zagađivanje, nebriga ljudi i svakakvi otpaci polako ubijaju jezersku floru i faunu.
