Čovjek već tisuću godina mnoge svoje namirnice (kao npr. kruh, sir i vino) priprema zahvaljujući djelovanju mikroorganizama. Danas znamo da živimo tijesno povezani s milijunima bezopasnih, štoviše i korisnih mikroorganizama, te da bez mnogih od njih ne bismo ni mogli živjeti. Međutim, kad govorimo o mikroorganizmima najčešće pomišljamo na uzročnike raznih zaraznih bolesti, poput tifusa, tuberkuloze, upale pluća ili kolere.
Unatoč tome što su mikroorganizmi toliko važni, nauka koje njima bavi – mikrobiologija – razmjerno je mlada znanost. Do prije otprilike 300 godina nije se ni znalo da mikroorganizmi postoje, a trebalo je proći još 200 godina da ih se počne na pravi način izučavati. 
Prvi čovjek koji je vidio i opisao mikroorganizme bio je nizozemski trgovac Anton van Leeuwenhoek (1632-1723) koji se u slobodno vrijeme zabavljao svojim mikroskopom. Godine 1673. točno je opisao mikroorganizme u kapima vode i sadržajima crijeva kukaca, ptica i žaba.
Nekada su znanstvenici tvrdili da mikroorganizmi nastaju spontano iz nežive tvari. Tako su stari Grci vjerovali da veliki organizmi poput žaba ili crva niču iz barskog mulja, a u 17. stoljeću je flamanski lječnik Jan Baptista van Helmont tvrdio da se na sličan način mogu praviti i miševi! Po njemu je bilo dovoljno u bocu staviti mekinje i stare krpe te je pohraniti u tamu škrinje – i eto miševa! Bila je to teorija spontane generacije.
Ta teorija napokon je opovrgnuta tek 1860-tih godina i to zahvaljujući pokusima francuskog kemičara Louisa Pasteura kojeg često zovemo i ocem moderne mikrobiologije. Louis Pasteur se rodio 1822. godine u francuskom mjestu Dole. Nakon što je diplomirao fiziku i kemiju, počeo se baviti kristalografijom odnosno izučavanjem oblika, simetrije i građe kristala. Dok je 1850-tih i početkom 1860-tih radio na sveučilištu u Lilleu, Pasteur je dobio sredstva pod uvjetom da svoj rad usmjeri na istraživanja korisna za mjesno gospodarstvo kao npr. vinarstvo i svilarstvo. Tako je on postao jednim od prvih znanstvenika koji su se neposredno bavili gospodarski korisnim istraživanjima. Mjesni su vinari tražili od njega zatražili da istraži dobra i loša vina te da otkrije zbog čega se razlikuju.
Vino nastaje procesom zvanim fermentacija, u kojemu šećer iz mošta mikroorganizmi pretvaraju u alkohol. Istražujući vina, Pasteur je otkrio da kakvoća vina ovisi o djelovanju raznih mikroorganizama te je razvio postupak konzerviranja vina i drugih namirnica strogo kontroliranim zagrijavanjem, da bi se pobili mikroorganizmi i pritom što manje stradala druga svojstva namirnica. Danas taj postupak, koji se najviše provodi u mliječnoj industriji, njemu u čast zovemo pasterizacijom.
Pasteurova sljedeća nakana bila je pronaći cjepivo protiv bjesnoće. Bila je to opaka bolest koja se na ljude mogla prenijeti ugrizom zaraženih životinja, primjerice pasa, a koja je izazivala visoku temperaturu i grčenje mišića. U to je doba bjesnoća bila 100% smrtonosna. 
Pasteur je bio uvjeren da bolest izaziva mikroorganizam koji se prenosi iz sline bijesne životinje. Danas znamo da taj mikroorganizam nije bakterija već virus. Nakon nekog vremena Pasteur je uspio proizvesti cjepivo koje je imuniziralo pse ali se nećkao da ga primijeni na čovjeku.
Kad je međutim 1885. godine dječaka Josepha Meistera ugrizao bijesni vuk, njegova je obitelj stala preklinjati Pasteura da na njemu iskuša svoje cjepivo. Cijepljenje je uspjelo i dječak se oporavio. Kad je kasnije Pasteur od bjesnoće spasio i nekoliko ruskih seljaka, ruski mu je car poslao 100.000 franaka koje je on upotrijebio da u Parizu osnuje Pasteurov institut koji se bavio liječenjem bjesnoće. Pasteur je radio u njemu sve do svoje smrti 1895. godine.
Pasteurovo djelo, koje nije samo spasilo dvije bitne francuske privredne grane nego i omogućilo spašavanje milijuna ljudskih života, označilo je početak „zlatnog doba“ mikrobiologije, za vrijeme kojeg su otkriveni mikroorganizmi uzročnici mnogih bolesti a izumljena su i brojna sredstva koja sprječavaju njihov razvitak.
