Od 1959. asistent je pri Katedri za stariju hrvatsku književnost Filozofskoga fakulteta, a u Lyonu i Londonu lektor je i profesor hrvatskoga jezika. Njegovo je pjesništvo na tragu Kaštelana i Šimića, a u moderan izričaj unosio je elemente folklora hrvatskoga tradicionalnog pjesništva. Iskonska veza sa zavičajem jedan je od temeljnih pokretača poezije Josipa Pupačića.
Njegova prva pjesnička zbirka Kiše pjevaju na jablanima sva je u znaku spontanoga, doživljaja rodnoga kraja, nostalgičnoga povratka u djetinjstvo i pokušaja obnove čvrstoće prvotnih emocija. Pjesnikov je doživljaj svijeta panteistički: u gotovo svakome stihu osjeća se divljenje prema prirodi, začudnost prema njezinim ljepotama i zagonetkama te potpuna stopljenost s njom (Povratak u djetinjstvo, Cetina, Mladoj vrbi, Uspavanka, Vodama Cetine i dr.).
Međutim, već u tim ranim pjesmama provlači se diskretna nota tragizma, egzistencijalne tjeskobe i tamnih slutnja koje razaraju idilu krajolika. Takva stanja prevladavaju u sljedećim zbirkama Mladići i Cvijet izvan sebe u kojima se Pupačić predstavlja kao pjesnik egzistencijalističkih preokupacija. Iako i u tim knjigama ima bljeska čistoga lirizma i spontanih doživljaja (poput antologijske pjesme More), lirske reminiscencije i evokacije praćene su u pravilu nemirom, sumnjom, bolnim osjećajima, doživljajem prolaznosti, opsesijom smrti te zapitanošću o smislu života (Tri moja brata, Oporuka, Notturno šumovitog brežuljka).
U daljnjem stvaranju u pjesničkim zbirkama Ustoličenje i Moj križ svejedno gori, Pupačić sve više naginje lirskoj apstrakciji i eksperimentima na formalnome planu. Njegov se poetski izraz intelektualizira i hermetizira, ekspresija je grčevita, napeta, isprekidana, daleko od nekadašnje lakoće i spontanosti. U traganjima za mogućnostima poetskoga izraza vraća se ponekad i srednjovjekovnim tekstovima; njima obnavlja vlastitu teksturu i postiže iznenađujuće učinke.
Objavio je sljedeće zbirke pjesama: Kiše pjevaju na jablanima, Mladići, Cvijet izvan sebe, Oporuka i Ustoličenje, a posmrtno su mu objavljene zbirke Moj križ svejedno gori i Uspravan hod.
Dobrojutro more tradicionalna je književna i kulturna manifestacija koja se od 1997. godine održava svakoga kolovoza u Podstrani u spomen na hrvatske književnike Josipa Pupačića, Dragu Ivaniševića, Juru Kaštelana i Nikolu Milićevića, kojima je poljički kraj bio zavičaj, i kao takav se odrazio u njihovim književnim djelima. Ime nosi po Pupačićevoj istoimenoj zbirci Dobrojutro more.
U online katalogu Nacionalne i sveučilišne knjižnice u Zagrebu dostupno je približno 150 zapisa o njegovim djelima.
Tekst je preuzet s mrežnih stranica Nacionalne i sveučilišne knjižnice u Zagrebu.
